Una innovadora herramienta computacional denominada "SNAF" puede ayudar al mundo de la investigación a llevar la promesa emergente de la inmunoterapia contra el cáncer a un mayor número de pacientes, según un estudio publicado en Science Translational Medicine. 

La herramienta de investigación, denominada Splicing Neo Antigen Finder (SNAF), fue desarrollada por un equipo multidisciplinar de investigadores del Cincinnati Children's y la Universidad de Virginia.

El proyecto fue dirigido por Guangyuan Li, PhD, y Nathan Salomonis, PhD, ambos de la División de Informática Biomédica del Cincinnati Children's. 

Los coautores dicen que la herramienta ya ha ayudado a descubrir objetivos inmunogénicos compartidos en varios tipos de cáncer, lo que podría allanar el camino para una nueva ola de tratamientos contra el cáncer altamente focalizados.

"Las implicaciones de este descubrimiento son significativas", afirma el Dr. H. Leighton "Lee" Grimes, coautor del estudio y director del Programa de Patología del Cáncer del Hospital Infantil de Cincinnati.

"Al identificar neoantígenos de empalme compartidos presentes en hasta el 90% de los pacientes con cáncer, SNAF no sólo presenta nuevos objetivos para la terapia, sino que también desafía y amplía nuestra comprensión de la biología del cáncer."

El objetivo de SNAF es ampliar el universo de la inmunoterapia mediante la identificación de neoantígenos derivados de modificaciones postranscripcionales, en particular errores de empalme, que hasta ahora han estado en gran medida sin explotar.

Utilizando nuevos métodos de inteligencia artificial, SNAF predice péptidos inmunógenos que las células T pueden reconocer y nuevas proteínas con componentes extracelulares alterados a las que las células B pueden dirigirse.

Este doble enfoque es vital para desarrollar inmunoterapias integrales que actúen sobre ambos brazos del sistema inmunitario adaptativo.

Aparece una diana prometedora para el melanoma

Al catalogar todos los posibles neoantígenos producidos a partir de vías alternativas de ARNm, el equipo descubrió que la cantidad de neoantígenos de empalme está correlacionada con la supervivencia de los pacientes y las respuestas a la inmunoterapia en pacientes con melanoma.

Uno de ellos, SLC45A2, se ha revelado como una diana especialmente prometedora debido a su elevada especificidad tumoral e inmunogenicidad.

Además de los neoantígenos de células T, el equipo ha descubierto una nueva clase de neoepítopos extracelulares específicos de tumores, denominados ExNeoEpitopes, a través de su línea de investigación centrada en células B, SNAF-B. Estos ExNeoEpitopes son un nuevo tipo de neoantígenos extracelulares específicos de tumores, denominados ExNeoEpitopes.

Estos ExNeoEpitopes son muy prometedores para el desarrollo de anticuerpos monoclonales y terapias con células CAR-T.

Próximos pasos

"Esto es sólo el principio", afirma Tamara Tilburgs, doctora e investigadora de la División de Inmunobiología.

Cómo encuentra nuevas dianas la nueva herramienta

La inmunoterapia, que utiliza el sistema inmunitario del paciente para combatir el cáncer, suele centrarse en los neoantígenos producidos por mutaciones genéticas.

Sin embargo, este enfoque suele beneficiar únicamente a quienes presentan una elevada carga mutacional.

"La flexibilidad del flujo de trabajo de SNAF permite adaptarlo continuamente a medida que avanzamos en la comprensión y la lucha contra el cáncer".

Salomonis y su equipo están aplicando ahora estas herramientas en los cánceres más difíciles de tratar para encontrar las mejores dianas para el desarrollo de terapias y comprender sus orígenes unicelulares.

Fuente: Centro Médico del Hospital Infantil de Cincinnati